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L'église cathédrale n'a rien de remarquable, mais le palais episcopal est un des plus beaux qu'il y ait en France. L'abbaye (aujourd'hui église) de Saint-Germain est un lieu où l’on compte jusqu'à soixante corps saints, et une quantité prodigieuse de reliques. Ce sont les papes Nicolas I, Jean VIII et Jean IX qui ont enrichi cette église de ces précieux restes, qui sont dans des grottes que Conrad, frère de l'impératrice Judith, et l'abbé comandataire de Saint-Germain firent bâtir en 850. M. Séguier, évêque d'Auxerre, fit ouvrir tous les tombeaux en 1636, et fit un proces-verbal de l'état où il avait trouvé les corps saints. On y voyait d'abord le tombeau de saint Héribalde, prince de la maison de Bavière, qui, sous Charlemagne, Louis le Débonnaire et Charles le Chauve, eut beaucoup de part au gouvernement de l'Etat. Il fut moine, puis abbé de ce monastère, et enfin évêque d'Auxerre et archichapelain, c'est-à-dire grand aumônier de France. Le tombeau de saint Fraterno, évêque d'Auxerre, venait ensuite. Ce saint fut martyrisé l'an 481. Le 29 septembre, saint Abbon, frère de saint Héribalde, religieux dans ce monastère, fut successeur de son frère dans l'évêché de cette ville. M. Séguier rapporte qu'il trouva son corps revêtu d'un cilice, d'un habit religieux et de ses ornements pontificaux. Il ajoute que son habit est fait de la même manière que celui des Bénédictins d'aujourd'hui ; mais que la couleur est d'un noir naturel et non pas de teinture. Avec le corps de saint Censure, évêque, on trouva une châsse remplie de reliques. Le pilier attenant à l'autel de Saint-Benoît porte cette inscription : POLYANDRION. M. Séguier y trouva trente corps saints, et les instruments de leur pénitence ou de leur martyre. Saint Romain y est peint non-seulement parce qu'il a été le père nourricier de saint Benoît, mais aussi parce qu'on y conserve plusieurs de ses reliques. Près du tombeau de saint Héribalde, on voit aussi la figure de saint Grégoire, parce que son corps y a reposé jusqu'en 1370, qu'il fut transporté dans la nef où il est à présent. A la fenêtre de Saint-Benoît sont les reliques trouvées avec le corps de saint Censure, dans la chapelle de sainte Maxime, dame italienne, venue en France à la suite du corps de saint Germain, lorsqu'on le transporta ici de Ravenne, où ce saint mourut ; de saint Optât, évêque d'Auxerre, de saint Satin et de saint Mémorien, prêtres. Saint Géran, religieux de l'abbaye de Soissons, ensuite évêque d'Auxerre ; saint Harían, prêtre et religieux de l'abbaye de son nom ; saint Aunaire, prince de la première race des rois de France, religieux et abbé de ce monastère, puis évêque d'Auxerre ; et saint Désiré, parent de la reine Brunehaut, avaient aussi leur sépulture dans cette église. Le corps de saint Martin, archevêque de Tours, a reposé pendant trente et un ans dans la chapelle de cette église qui est dédiée à ce saint. Les corps de saint Batton, de saint Allode, de saint Urse, évêque d'Auxerre, reposent ici. Cette chapelle est d'ailleurs remplie de reliques. Quand le corps de saint Germain fut apporté ici de Ravenne, il avait été mis dans une châsse d'or, enrichie de pierreries d'un prix inestimable ; mais elle a été enlevée par les prétendus réformés, et les reliques dispersées ; en sorte qu'il ne reste plus dans ce tombeau que de la cendre du corps de ce saint et quelques petits ossements. Cette chapelle de Saint-Germain est comme le centre de la sainteté de l'église de cette abbaye. Il n'y a point de lieu plus rempli de corps saints et de reliques. Du côté de l'Epître sont deux corps saints, et de l'autre côté il y en a trois. Le fond de la chapelle en est rempli. On y remarque principalement les tombeaux de saint Théodore et de saint Romain, évêques ; celui de saint Loup, évêque : quelques-uns ont cru qu'il était archevêque de Besançon, d'autres, évêque de Lausanne ; on ne le trouve néanmoins dans aucun des catalogues de ces églises. Il y a beaucoup d'apparence que c'était un évêque régionnaire ou chorévèque, sans titre d'aucune église, selon l'usage du Ve siècle. Ce qu'il y a de certain, c'est qu'il fut le directeur de la princesse Clotilde à laquelle nous devons la conversion de Clovis et celle de la France entière. L'évêché d'Auxerre reconnaît saint Pellegrin pour son premier évêque ; il fut envoyé de Rome en 261 par le pape Sixte II et martyrisé sous Aurélien en 273. L'évêque d'Auxerre est le premier suffragant de l'archevêché de Sens. Le comte d'Auxerre ou celui qui le représentait, les barons de Donzy, de Saint-Vrain et de Toucy relevaient de l'évêché et devaient hommage à l'évêque. Ils portaient le dais le jour de son entrée solennelle et portaient même ce prélat dans un fauteuil depuis l'église de Saint-Germain jusqu'à la cathédrale : ce qui n'a pas été observé depuis la fin du XVIIe siècle. L'église cathédrale d'Auxerre est dédiée à saint Etienne.